Selepas tamat belajar dari sekolah perubatan Universiti Buenos Aires pada tahun 1953, Guevara mengembara melalui Bolivia, Peru, Ecuador, Panama, Costa Rica, Nicaragua, Honduras, dan El Salvador, sebelum akhirnya sampai ke Guatemala di mana President Jacobo Arbenz Guzmán memimpin kerajaan populist yang, melalui pelbagai pembaharuan, terutamanya pembaharuan tanah, cuba mengembalikan revolusi sosial.Ketika masa ini Guevara mendapat nama gelarannya, "Che", disebabkan sering menggunakan kata Argentina Che (disebut /tʃe/), digunakan sama seperti "hey", "kawan" atau "sahabat" dan digunakan secara basahan dipelbagai negara penutur Inggeris. Uruguay, Paraguay, dan Argentina adalah negara yang menggunakan perkataan ini, menjadikannya tanda niaga kawasan Rioplatense.

Merujuk kepada Jon Anderson, orang penghubung utama di Guatemala adalah seorang sosialis Hilda Gadea, yang telah mengenalkan Guevara kepada orang kabinet peringkat tertinggi dalam kerajaan Arbenz. Hilda merupakan seorang ahli Persekutuan Revolusi Amerika Popular atau (American Popular Revolutionary Alliance) (APRA), sebuah pergerakan politik yang diketuai oleh Víctor Raúl Haya de la Torre. Beliau juga telah membuat hubungan dengan orang buangan Cuba yang ada pertalian dengan Castro, termasuklah Antonio "Ñico" López, yang dikaitkan dengan serangan ke atas berek "Carlos Manuel de Céspedes" di Bayamo dalam provinsi Oriente, Cuba[7] dan orang yang mungkin mati di jambatan Ojo del Toro seketika lepas Granma mendarat di Cuba.[8] Guevara menggabungkan "moncadistas" dalam penjualan barangan agama yang berkaitan dengan Black Christ, dan beliau juga telah menolong dua orang pakar malaria Venezuela. Keadaan ekonomi adalah merumitkan, dan beliau telah menggadaikan barang kemas Hilda. Kemudian, pada 15 Mei, 1954, satu barangan infantri Skoda berkualiti tinggi dan senjata artileri ringan telah dihantar daripada negara komunis Czechoslovakia untuk kerajaan Arbenz telah tiba di atas kapal Sweden Alfhem. Bilangan senjata yang dianggarkan sampai adalah kira-kira 2000 ton oleh CIA [9] dan cukup mencurigalkan 2 tan oleh Jon Lee Anderson [10]. (Anderson's tonnage estimate is thought to be a typo due to how few scholarly sources support it.) Guevara briefly left Guatemala for El Salvador to pick up a new visa, then returned to Guatemala. Meanwhile, the CIA-sponsored coup attempt led by Carlos Castillo Armas had begun.[11] The anti-Arbenz forces were unable to stop the trans-shipment of the Czech weapons by train; however, after recovering energy, and apparently with the help of air support, they started to gain ground (Holland, 2005).

Guevara menyertai sepasukan tentera awam bersenjata yang dikendalikan oleh Belia Komunis untuk beberapa hari, tetapi kemudian kembali kepada tugas-tugas perubatannya. Selepas rampasan kuasa, Guevara bersukarela untuk bertempur, akan tetapi Arbenz menyuruh semua penyokong asing supaya meninggalkan negara itu. Selepas Gadea ditangkap, beliau melindungi diri di konsulat Argentina dan kemudian berpindah ke Mexico.

Penggulingan kerajaan Arbenz oleh sebuah rampasan kuasa yang dibantu oleh Agensi Perisikan Pusat mengukuhkan pandangan Guevara bahawa Amerika Syarikat merupakan sebuah kuasa imperialis yang secara tekal akan menentang sebarang kerajaan yang mencuba menangani ketaksamaan sosioekonomi yang endemik di negara-negara Amerika Latin serta negara-negara membangun yang lain. Ini mengukuhkan lagi keyakinannya bahawa sosialisme melalui perjuangan bersenjata yang dipertahankan oleh para penduduk bersenjata merupakan satu-satunya cara untuk membaiki masalah-masalah tersebut.